Мысль о строительстве астрономической обсерватории в Москве возникла ещё в 1803 году. Уже на следующий год ее соорудили из дерева на крыше главного здания университета на Моховой улице.
Проработала она недолго, сгорев в пожаре 1812 года. А в 1827 году богатый грек Зоя Павлович Зосима дарит Московскому Университету свою дачу в Пресненской части на Трёх Горах для строительства крупной астрономической обсерватории.
Спустя 4 года, в 1831 году университетская обсерватория была построена.
В 1860-е годы директор обсерватории профессор Б. Я. Швейцер модернизировал обсерваторию. На ней был установлен ряд новых инструментов, включая 10-дюймовый рефрактор Мерца, а над главной башней сооружён специальный купол.